lmp_mpi未找到命令_mpiifort命令未找到

lammps 安装较好的帖子
　　http://blog.163.com/bugoo_cat/blog/static/4408845420129343629770/

　　Ubuntu 12.04单机安装并行高富帅版LAMMPS (DRAFT)

　　2012-10-03 04:37:20|  分类： Original |  标签：lammps  ubuntu   |字号 订阅

　　本文可自由转载，有以下两点请大家妥为照顾，谢谢。

　　n  本文还未完成，因此为保证此文的更新，转贴时请注明本链接

　　n  为了保证自由分享，请尽量不要转至需要注册才能阅读的论坛、回帖才可见的帖子

　　Lammps是做分子模拟的开源软件，其模拟过程和简介可参考这里。 整个安装大致流程是，首先需要安装一些必备的支持软件，然后才是下载并解压
lammps源文件得到例如
lammps-21Sep12这个文件夹，以下不经特殊说明的路径均是指这个文件夹下的相对路径。
Lammps中包含多个
部件包
(package)，各个部件包具有不同的功能，因此用户可以依据自己模拟体系的需要进行选装。我喜欢大。。。也喜欢全。。。就是喜欢大而全，所以在后面会尽可能的把所有的包都装上。

　　部件包分为标准包和用户包，标准包由官方开发，它们包括asphere、kspace、meam等；用户包则出自一些比较牛x的用户，例如user-misc、user-colvars、usr-cuda等。你可以在src目录下执行make命令查看所有包的名称、增添包的方法、clean和src/MAKE目录下各种预置的编译配置文件Makefile.foo的介绍。这些Makefile文件是官方根据不同主流机器硬件、编译环境预先给用户写好的，虽然绝大多数情况下直接使用还是无法成功，但作为模板文件只需要对其中的一小部分进行相应修改就可以用了。例如Makefile.g++就适用于g++编译器环境的系统，而Makefile.openmpi就适用于安装openmpi软件的系统，注意Makefile文件的后缀(例如前两个文件的后缀就是g++和openmpi)被官方手册统称为foo，编译lammps时只需要使用命令make foo即可。foo的意思是，如果你选择MAKE/Makefile.g++作为编译配置文件，那么你编译lammps的命令就是make g++；如果你选择的是MAKE/Makefile.openmpi作为编译配置文件，那么编译lammps的命令就是make openmpi。

　　在选装好各包之后，还需要把包的名称与lib目录下的各文件夹名称对照一下。例如如果选装了meam包，那么可以看到lib目录中也有这个文件夹，这就表明在编译lammps的时候编译器还需要额外的meam库文件，所以还需要先到lib/meam里面编译一下静态库文件。这在后面会详细说明。

　　上述准备工作完成之后，只要在src目录下编译执行make foo命令，编译成功后就可以得到可执行的lmp_foo文件了，至此大功告成。

　　下文采用Lammps-21Sep12(版本号8817)为源文件，在Ubuntu 12.04 LTS上安装。在安装时，有几个地方可以详细查看安装方法和可能错误的解决方法。首先是官网安装说明，然后是源文件lammps/src/MAKE/下的Makefile.foo文件，在lammps/lib下各库包内的README、Makefile.foo和Makefile.lammps里均包含了其安装方法和注意要点。

　　1. 必备软件安装

　　1.1 apt-get安装部分

　　需要用sudo apt-get install XXXX的命令安装以下几个包：build-essential, gfortran, csh或tcsh, libjpeg62, libjpeg62-dbg, libjpeg62-dev。例如可使用以下命令即可同时安装

　　清单1：安装必备软件

　　$ sudo apt-get install build-essential gfortran csh lib62 lib62-dbg lib62-dev

　　其中gfortran是fortran编译器包，而build-essential是GNU c/c++命令行编译器包，安装后可用下面命令测试一下，反正结果不能为"g++:"

　　清单2：查询g++是否安装

　　$ whereis g++

　　g++: /usr/bin/g++  /usr/bin/X11/g++  /usr/share/man/man1/g++.1.gz

　　csh或tcsh二选一即可，据某经验用户说是“通讯用的”，可能是mpich调用多核并行计算时，各核进行信息和数据共享所用的。libjpeg的三个包是用来支持lammps输出图片的。

　　接下来的fftw和mpich均使用原始码安装，嫌麻烦的可以参考这里使用apt-get或ubuntu里的软件中心安装，效果一样的。

　　1.2 FFTW

　　用于所谓的快速傅立叶计算，如果lammps中不打算安装KSPACE就不用安装fftw了，相应的Makefile.foo文件中fftw library部分的设定可以置空。下载fftw-2.1.5的源文件，到默认的地方(~/Downloads)。

　　原始码安装的补习资料可参考这里。原始码的安装简单而言可依次用https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure、make和make install三条命令完成，这样原始码会采用默认的目录进行安装，即头文件(*.h)在/usr/include，执行文件在/usr/bin，库文件(*.a和*.so)在/usr/lib，当然还包括bin文件、man文件等。这样做的好处是系统在执行每条命令时会依序在$PATH中找，而上述几个目录已经被系统预添加进$PATH变量中了。但是弊端在于，虽然根据GNU标准的要求每个源文件都应该提供make uninstall命令进行卸载，但软件作者均表示无法保证卸载干净。

　　所以我采用自定义安装目录的方法将fftw安装到/usr/local/fftw2内，这样如果要卸载软件，直接删除该目录即可。为了方便运行，可以按照后面的方法把/usr/local/fftw2/bin添加到$PATH即可。

　　清单3：安装fftw2

　　$ cd /usr/local/src

　　$ sudo tar xzvf ~/Downloads/fftw-2.1.5.tar.gz

　　$ cd fftw-2.1.5

　　$ sudo https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure –prefix=/usr/local/fftw2 –enable-float

　　$ sudo make

　　$ sudo make install

　　1.3 MPI

　　MPI是用来做并行计算用的，听起来好像只有多台服务器主机同时计算这样的规模才配称为并行，但现在的多核CPU已经非常普遍，2核、4核和8核这样的CPU已经稀松平常了，所以只要你的电脑是多核CPU就可以用到MPI，它可以让CPU里的多个核心一起计算。

　　当然，如果你死心眼非要只用CPU里的一个核心跑运算也可以，MPI不需要安装，但是你需要编译src/STUB，而且在编译lammps的时候使用Makefile.serial这个文件，但这个不在本文的范围之内。

　　MPI软件可以有两个选择：openmpi-1.6.2和mpich2-1.4.1p1，它们的安装可在解压后查看其文件夹中的INSTALL和README这两个文件。这里以mpich2为例说明其安装，其全套命令如下

　　清单4：安装mpich2

　　$ cd /usr/local/src

　　$ sudo tar xzvf ~/Downloads/mpich2-1.4.1p1.tar.gz

　　$ cd mpich2-1.4.1p1

　　$ sudo https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure –prefix=/usr/local/mpich2

　　$ sudo make

　　$ sudo make install

　　此前的许多帖子里都说还需要一个~/.mpd.conf文件，可以依次使用touch ~/.mpd.conf和chmod 600 ~/.mpd.conf命令即可搞定，而且每次用lmp做并行运算前需要执行一下mpd &命令才行。但我的单机版lmp好像并不需要这个。

　　2. lammps的下载和安装

　　Eric said, RTFM and STFW。从这里开始就是错误的重灾区了，建议出了问题首先通读官方的手册中对安装部分的介绍：Getting Started。

　　2.1 下载

　　Lammps的下载可采用两种方式，一种是直接去官网下载，然后解压得到lammps-21Sep12(当前版本8817)文件夹；另一种是使用svn更新的方式，这样做的好处是可以随时更新lammps的最新发布，svn可以用Ubuntu软件中心中搜索安装，然后在~下建立一个存放下载lammps的目录，全套命令为

　　清单5：svn更新lammps

　　$ mkdir ~/lammps

　　$ svn co svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk  ~/lammps  # 同步下载lammps

　　$ cd ~/lammps

　　$ svn update  # 更新lammps

　　$ svn –qu status  # 查询当前lammps的最新版本

　　版本的 8817 状态

　　2.2 编译库文件

　　lammps中lib目录下含有atc,awpmd, colvars,cuda,gpu, linalg, meam, poems和reax文件夹(红色字体的包因为无法排错而没有安装，因此也就不用编译这几个库文件)，为了尽可能安装lammps所有的包，每个都需要进去编译。我的电脑比较原始，没有显卡运算功能，所以在这里就没有编译和安装cuda和gpu，而atc和awpmd安装失败问题在下面会提到。

　　以linalg为例，进去后可以发现其中的Makefile只有Makefile.gfortran和Makefile.mingw_cross这两种，文件名的后缀就是这个Makefile适用的编译器。由于此前已经安装了gfortran编译器，因此需要使用命令make -f Makefile.gfortran进行编译。

　　这里插一句，lib下的各包，除了awpmd只有Makefile.openmpi、cuda和gpu外，其它所有包中要么有Makefile.g++，要么有Makefile.gfortran，因此在这里使用g++和gfortran这两个编译器就足够了。下表中为各库文件家中各编译器版的Makefile，第一个即为我所用的Makefile。

　　LIB

　　Makefile的后缀

　　atc

　　g++, icc, serial, lammps

　　awpmd

　　openmpi, lammps

　　colvars

　　g++, femi, mingw32-cross, lammps

　　cuda

　　无后缀, common, cudalib, defaults, lammps

　　gpu

　　femi, lens, lincoln, linux, linux_opencl, longhorn, mac, mac_opencl, serial, serial_opencl, lammps

　　linalg

　　gfortran, mingw_cross

　　meam

　　gfortran, g95, ifort, pgf90, tbird, lammps, lammps.gfortran, lammps.glory, lammps.ifort

　　poems

　　g++, icc, storm, lammps

　　reax

　　gfortran, g77, g95, ifort, pgf90, redsky, tbird, lammps, lammps.gfortran, lammps.ifort

　　各包中均包含README文件，里面指出如果编译成功了，会生成静态库文件lib*.a和配置文件Makefile.lammps，它俩为接下来的lammps编译所用。

　　atc是需要BLAS(Basic Linear Algebra Subroutines)和LAPACK(Linear Algebra Routines)的，如果系统没有安装这两个东西，有两种解决办法：要么编译lib中的linalg并利用它做伪BLAS和LAPACK，然后再供atc编译时调用。但在对atc使用make -f Makefile.g++编译时提示错误： mpi.h 没有那个文件或目录。要么apt-get安装了liblapack-dev和libblas-dev之后再编译atc即可。从这里可以看到atc是需要数学库的支持的，Intel的Math Kernal Libray(简称MKL)就是针对自家CPU优化的数学库，如果是Intel的CPU需要首选这个。

　　awpmd只有Makefile.openmpi可供选择，为此我还用原始码安装了openmpi-1.6.2，然后成功编译并得到libawpmd.a和Makefile.lammps文件，但在随后对lammps编译时，如果选择了USER-AWPMD包，编译时会报错：/usr/bin/ld: cannot find -lawpd。

　　reax的问题比较怪，即可以成功编译，并得到libreax.a和Makefile.lammps这两个文件，但在对lammps编译时，如果选择了REAX包，编译时会报错：/usr/bin/ld: cannot find -lifcore -lsvml -lompstub -limf。这里指出可以在编译好lib/reax后修改其中的Makefile.lammps文件，将其中reax_SYSLIB后的内容从-lifcore -lsvml -lompstub -limf修改为-lgfortran，这样可以成功编译得到lmp可执行文件，但运行它却提示“已杀死”。

　　不要以为上面的错误和ldconfig有关，事实上在上述的错误中，以-lifcore为例，它指明了系统中缺少libifcore.a文件，这是Intel fortran编译器ifort的静态库文件。

　　2.3 修改Makefile

　　我采用g++编译器编译lammps，那么在这里就需要修改src/MAKE/Makefile.g++文件。其中需要确认并修改的只是compiler/linker、Lammps ifdef、MPI library、FFT library和JPEG library这五个部分，其余的都不用动。我把自己的Makefile.g++中关键的部分放在下面，根据前面安装的mpich，fftw2，libjpeg，对各个检查和改动的部分以蓝色字体标出来。

　　清单6：修改Makefile.g++

　　# g++ = Redhat Linux box, g++, MPICH2, FFTW

　　…

　　# compiler/linker settings

　　CC = g++

　　CCFLAGS = -g -O

　　SHFLAGS = -fPIC

　　DEPFLAGS = -M

　　LINK = g++

　　LINKFLAGS = -g –O

　　LIB =

　　SIZE = size

　　ARCHIVE = ar

　　ARFLAGS = -rc

　　SHLIBFLAGS = -shared

　　…

　　# LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL

　　LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG

　　…

　　# MPI library, REQUIRED

　　MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICH2 -I/usr/local/mpich2/include  # 即mpi.h的路径

　　MPI_PATH = -L/usr/local/mpich2/lib  # 即libmpich.a的路径

　　MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread

　　…

　　# FFT library, OPTIONAL

　　FFT_INC = -DFFT_FFTW2 -I/usr/local/fftw2/include  #即fftw.h的路径

　　FFT_PATH = -L/usr/local/fftw2/lib  # 即libfftw.a的路径

　　FFT_LIB = -lfftw # 可以理解为，将-l换成lib，后面添加.a后缀，就是libfftw.a这个库文件了

　　…

　　# JPEG library, OPTIONAL

　　JPEG_INC = -I/usr/include  # 即jpeglib.h的路径

　　JPEG_PATH = -L/usr/lib/i386-linux-gnu  # 即libjpeg.a的路径

　　JPEG_LIB = -ljpeg

　　文件修改并保存后，使用以下全套命令安装各个package并进行lammps的编译

　　清单7：安装各包并编译lammps

　　$ cd ~/lammps/src

　　$ make clean-all

　　$ make yes-all

　　$ make no-gpu no-kim no-reax no-user-atc no-user-awpmd no-user-cuda

　　$ make g++

　　如上所示安装了除GPU，KIM，REAX，USER-ATC，USER-AWPMD和USER-CUDA外的所有包。如果选装KIM则在编译时会报错： KIM_API.h 没有那个文件或目录。据称KIM几乎没用，而且目前开发人手不足，将来可能会被废弃，所以不装它也无所谓。

　　注意，在Makefile.g++文件中例如MPI_INC后面的设定项-DMPICH_SKIP_MPICH2，即属于-D字头的项，在对类似这种设定项修改后需要在src目录下用make clean-all命令清除所有*.o文件才能用make g++命令编译lammps并成功得到lmp_g++。当然，如果在修改Makefile.g++的过程中需要反复测试能否使用make g++命令成功编译lammps，没有修改过Makefile.g++中-D字头的设定项，可以不用make clean-all，这样上次编译中得到的*.o文件仍然存在并可以继续使用，因此可节省编译时间并加快查错进度。

　　Lammps的编译耗时较长，你也可以在清单7的最后一行编译命令中使用-j参数开启多核同时编译，这样可以加快编译进度。编译完成后可以在当前目录下得到名为lmp_g++的可执行文件，其大小约为35.6 MB。

　　另一种Makefile.g++的修改方案是，使用mpich2提供的mpic++编译器编译lammps，这样清单6中Makefile.g++文件只需要将compiler/linker部分的CC和LINK修改为/usr/local/mpich2/bin/mpic++，mpi library部分的三项置空就可以了(mpic++是c++的wrapper，使用它做编译时它自己可以找到MPI的头文件和库文件，因此无需用户设置)。编译成功后得到的lmp文件大小约为17.4 MB。

　　3. 并行计算测试

　　可以将lmp_g++拷贝到/usr/bin目录下，由于shell的环境变量$PATH中已经包含了这个路径，因此每次运行lmp_g++命令时可以不用绝对路径。

　　接下来创建一个专门用于保存计算结果的目录~/md，再将~/lammps/examples/colloid/in.colloid这个文件也拷贝到~/md目录下就可以测试并行计算了。全套命令如下

　　清单8：测试lmp并行计算

　　$ sudo mv ~/lammps/src/lmp_g++ /usr/bin

　　$ mkdir ~/md

　　$ cp ~/lammps/examples/colloid/in.colloid ~/md

　　$ cd ~/md

　　$ /usr/local/mpich2/bin/mpirun -n 2 lmp_g++ < in.colloid

　　我的电脑是Intel Core(TM)2 Duo CPU双核心CPU，所以在最后一行命令中使用"-n 2"这个参数指定两个核心同时计算，即所谓的并行运算了。运算时可以使用top命令查看一下其cpu占用率情况。

　　

　　另外，如果嫌每次需要打出mpirun绝对路径太麻烦，可以在~/.bashrc的末尾添加以下部分，将其路径添加到$PATH环境变量中。

　　清单9：添加mpich2的路径

　　# Source global definitions

　　if [ -f /etc/bashrc ]; then

　　. /etc/bashrc

　　fi

　　export PATH=/usr/local/mpich2/bin:$PATH  # 将新路径添加到现有的$PATH中

　　保存退出后，关闭终端，然后用Ctrl-Alt-t热键重新打开一个新的终端使.bashrc的设置生效，可以用echo $PATH命令检查一下，/usr/local/mpich2/bin这个路径应该会包含其中。

　　4. 性能问题及其它

　　考虑到lmp的计算效率，如果电脑的CPU是Intel的，由于Intel的编译器已经针对自家硬件做了性能优化，因此fortran编译器、c++编译器和数学库的首选分别是Intel的ifort、icc和mkl，你可以参考src/MAKE/Makefile.mkl这个文件。以上这三个部件可在Intel网站上下载。

　　为此测试了Intel Fortran & C++ Composer XE 2013 for Linux，安装后查看其所在目录为

　　清单10：icc和ifort

　　$ whereis icc icpc ifort

　　icc: /opt/intel/bin/icc

　　icpc: /opt/intel/bin/icpc

　　ifort: /opt/intel/bin/ifort

　　然后在lib目录下分别用ifort和icc对meam和poems进行编译，而reax则用gfortran编译后再将其目录中的Makefile.lammps.gfortran原地复制为Makefile.lammps。

　　Lammps的各部件包中只剔除了gpu、kim、user-atc、user-awpmd和user-cuda，接着选择src/MAKE/Makefile.linux文件并对其中相应项进行修改，修改好的该配置文件在文尾已附，编译成功后得到lmp_linux可执行文件，可正常运行。请注意，以icc为编译器竟然可以安装上reax包并编译得到可以正常运行的lmp文件，但原因不明。

　　5. 遗留问题

　　除了上面2.2内的种种遗憾外，还有两个未解决的问题，如果有哪位牛人搞定了请分享我。

　　5.1 fftw-3.3.2

　　这里我反复测试过，安装fftw-3.3.2版后在编译lammps时会提示fftw.h没有哪个文件或目录，网上的一个文章说在fftw3下无法编译lammps，而另两个(1,2)声称可以。我测试的时候选择g++和mpich2-1.4.1p1组合进行编译，Makefile.g++文件中fftw library部分的设定修改为

　　清单11：使用fftw-3.3.2的Makefile.g++

　　…

　　# FFT library, OPTIONAL

　　FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/fftw3/include  #即fftw.h的路径

　　FFT_PATH = -L/usr/local/fftw3/lib  # 即libfftw.a的路径

　　FFT_LIB = -lfftw3

　　…

　　编译时出错，其中的部分提示错误信息为

　　清单12：错误信息

　　…

　　/home/vx/lammps/src/Obj_g++/fft3d.cpp:213: undefined reference to 'fftw_execute_dft'

　　…

　　fft3d.o: /home/vx/lammps/src/Obj_g++/fft3d.cpp:1226: more undefined reference to 'fftw_execute_dft' follow

　　collect2: ld 返回1

　　make[1]: ***[https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/lmp_g++] 错误 1

　　make[1]: 正在离开目录'/home/vx/lammps/src/Obj_g++'

　　make[1]: ***[https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/lmp_g++] 错误 2

　　我查看了fftw3安装目录lib文件下的库文件只有libfftw3f.a和libfftw3f.la，因此我又将Makefile.g++中的FFT_LIB分别改为-lfftw3f和/usr/local/fftw3/lib/libfftw3f.a并make clean-all，测试仍失败。对比上面出错的信息可以看到，Obj_g++里的错误文件为fft3d.cpp(该文件中头部有一行是#include <fft3d.h>)，而我安装的fftw-3.3.2提供的头文件为fftw3.h、库文件为libfftw3f.a，所以我猜测很可能lammps源文件的发布没有跟上fftw3的更新。

　　按照这里的说法我又测试了fftw-3.3.1，但结果仍然和fftw-3.3.2相同。fftw3的其它更低版本没时间测试了。

　　5.2 openmpi-1.6.2

　　有帖子提到说，在lammps需要跨机并行计算的情况下，使用openmpi比mpich要好。我也测试了g++和fftw-2.1.5组合，Makefile.openmpi文件中的设定检查和修改为

　　清单13：使用openmpi-1.6.2的Makefile.openmpi

　　# compiler/linker

　　CC = mpic++

　　CCFLAGS = -O2 -funroll-loops –fstrict-aliasing –Wall –W –Wno-uninitialized

　　SHFLAGS = -fPIC

　　LINK = mpic++

　　LINKFLAGS = -O

　　LIB = -lstdc++

　　SIZE = size

　　ARCHIVE = ar

　　ARFLAGS = -rcsv

　　SHLIBFLAGS = -shared

　　…

　　# LAMMPS-specific

　　LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP –DLAMMPS_JPEG

　　…

　　# MPI library

　　MPI_INC =

　　MPI_PATH =

　　MPI_LIB =

　　…

　　# 其后和Makefile.g++一样

　　上面MPI部分置空，使用以下全套命令安装各个package并进行安装和编译。

　　清单14：使用Makefile.openmpi编译安装

　　$ cd ~/lammps/src

　　$ make clean-all

　　$ make yes-all

　　$ make no-gpu no-kim no-reax no-user-atc no-user-awpmd no-user-cuda

　　$ make openmpi

　　编译成功并得到lmp_openmpi可执行文件，约为17.4 MB，但是在运行时却出错如下。

　　清单15：lmp_openmpi的运行出错信息

　　$ https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/lmp_openmpi

　　https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/lmp_openmpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory 由于系统中同时安装了mpich2和openmpi，两者的bin目录中都提供mpic++，因此我又把清单12中CC和LINK部分都设定为绝对路径/usr/local/openmpi/bin/mpic++，结果和清单15相同。

　　6. 相关文件

　　这里提供j个文件

　　LAMMPS手册中译版学习.doc

　　Makefile.g++ ：编辑好的lammps编译配置文件

　　Makefile.linux： 以icc为编译器的编译配置文件，使用fftw-2.1.5和mpich2-1.4.1p1组合，详见上文4. 性能问题及其它

　　lammps21Sep12.tar.gz ：本文安装的lammps原始码包

　　#############################################################################################

　　不同的并行编译器 可以参考

　　###########################################################################################

　　http://njn0516.blog.163.com/blog/static/222816520118464222171/

LAMMPS

　　by shainer on Tue Dec 14, 2010 11:46 pm

　　Download LAMMPS at: http://lammps.sandia.gov/tars/

　　Download FFTW from: http://www.fftw.org/

　　Building LAMMPS

　　Extract LAMMPS

　　% tar xvfz lammps-30Aug10.tar.gz

　　Modify the Makefile according to MPI, compiler and library used

　　% cd lammps-30Aug10/src/MAKE

　　% vim Makefile.{name_of_target}

　　% make {name_of_target}

　　Makefile changes for using GNU compilers and FFTW library

　　CC = mpicxx

　　CCFLAGS = -g –O

　　DEPFLAGS = -M

　　LINK = mpicxx

　　LINKFLAGS = -g –O

　　LIB =

　　FFT_INC = -I/application/fftw-2.1.5-gnu/include -DFFT_FFTW

　　FFT_PATH = -L/application/fftw-2.1.5-gnu/lib

　　FFT_LIB = -lfftw

　　Makefile changes for using Intel compilers and MKL library

　　CC = icc

　　CCFLAGS = -O3 -fno-alias -ip -unroll0

　　DEPFLAGS = -M

　　LINK = icc

　　LINKFLAGS = -O -L/application/intel/11.1/064/mkl/lib/em64t

　　LIB = -lstdc++ -lpthread -mkl:cluster –lguide

　　FFT_INC = -DFFT_FFTW -I/application/intel/11.1/064/mkl/include/fftw

　　FFT_PATH =

　　FFT_LIB = /application/intel/11.1/064/mkl/lib/em64t/libfftw2xf_intel.a

　　Makefile changes for using Intel MPI 4

　　MPI_INC = -I/application/intel/impi/include64 -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

　　MPI_PATH = -L/application/intel/impi/lib64

　　MPI_LIB = -lpthread –lmpi

　　Makefile changes for using Open MPI 1.4.2

　　MPI_INC = -I/application/openmpi-1.4.2-gnu/include -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

　　MPI_PATH = -L/application/openmpi-1.4.2-gnu/lib

　　MPI_LIB = -lpthread –lmpi

　　Makefile changes for using MVAPICH2-1.5

　　MPI_INC = -I/application/mvapich2-1.5-gnu/include -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

　　MPI_PATH = -L/application/mvapich2-1.5-gnu/lib

　　MPI_LIB = -lpthread -lmpich

　　Makefile changes for using Platform MPI 7.1

　　MPI_INC = -I/opt/platform_mpi/include -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

　　MPI_PATH = -L/opt/platform_mpi/lib/linux_amd64

　　MPI_LIB = -lpthread –lmpi

　　Running LAMMPS

　　Running with Intel MPI

　　% mpdboot -r ssh -f /home/pak/mpd.hosts.ib.14 -n 14

　　% mpiexec -np 168 -IB -print-rank-map ~/lammps-30Aug10-gnu-openmpi-1.4.2/src/lmp_maia_intel_impi -in in.rhodo.scaled -var x 4 -var y 6 -var z 7

　　%mpdallexit

　　http://www.hpcadvisorycouncil.com/forums/viewtopic.php?f=4&t=627 Running with Open MPI

　　% mpirun -np 168 -hostfile ~/hostfile-ompi.14 -mca mpi_paffinity_alone 1 -mca btl self,sm,openib ~/lammps-30Aug10-gnu-openmpi-1.4.2/src/lmp_maia_gnu_openmpi -in in.rhodo.scaled -var x 4 -var y 6 -var z 7

　　Running with MVAPICH2 MPI

　　%mpdboot -r ssh -f /home/pak/mpd.hosts.ib14 -n 14

　　% mpiexec -np 168 ~/lammps-30Aug10-gnu-openmpi-1.4.2/src/lmp_maia_intel_mvapich2 -in in.rhodo.scaled -var x 4 -var y 6 -var z 7

　　% mpdallexit

　　Running with Platform MPI

　　% mpirun -np 168 -IBV -cpu_bind -hostfile ~ /hostfile-hpmpi-ib14 ~/lammps-30Aug10-gnu-openmpi-1.4.2/src/lmp_maia_intel_platform -in in.rhodo.scaled -var x 4 -var y 6 -var z 7

　　============================================================================================================

　　VMD 安装

　　ubuntu 14.04 简单安装

　　下载 官方 预编译版 vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

　　vmd软件官方下载地址：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

　　解压后进入 https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure  LINUXAMD64

　　cd src

　　sudo make install

　　###########################################################################################################

　　http://hi.baidu.com/youyoubaihua/item/3a7c7f2036fbb6d7a417b606

　　1. Download the VMD for linux code form http://www.ks.uiuc.edu/Development/Down … wnload.cgi

　　2. Extracting the VMD source. This will produce a subdirectory named vmd-1.8.6. Thus, cd there.

　　3.修改configure文件中安装位置，或不修改，则为默认安装位置

　　https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure LINUX.

　　4. cd src.

　　5. sudo make Install

　　6. But before using the VMD, Please do this : sudo apt-get install csh.

　　装好后运行前视个人机器环境 也许还需要：

　　sudo apt-get install csh

　　sudo apt-get install libstdc++5

　　64位系统下

　　1。解压

　　2。https://blog.csdn.net/ooshanshui/article/details/configure  LINUXAMD64 OPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT

　　3。cd src

　　4.make install

　　5.vmd

　　默认安装位置在/usr/local/bin下，可以把它拷到vmd目录下

　　============================================================================================================

　　xmovie 安装

　　#############################################################################################################

　　xmovie是lammps附带的一个小工具，可以很方便的查看dump文件。在RedHat下，xmovie直接make就可以通过，但在ubuntu下编译还需要先安装一些额外的包。

　　打开“系统”=>“系统管理”=>“新立得软件包管理器”

　　在“新立得”中，以“libx”为关键词，搜索并安装以下各包：

　　libxaw7 libxaw7-dev   libxt6   libxt6-dev