TCGA xml文件临床信息整合（1）生存分析数据整合 前言 从TCGA中下载的XML数据中可以提取的信息很多，除了基本的性别、年龄、生存时间等基础的信息，还包括手术信息，放、化疗信息，甚至还包括放疗的剂量等，但是很多数据都不完整，或者存在更新的情况，（TCGA的临床数据中包含初次诊断的信息以及随访信息），提取太多信息会存在很多缺失值。 使用R包 TCGAcm，可以一键提取整合最新的临床信息，简单快捷整合总生存率和无进展生存期的数据，直接开始生存分析。 TCGA临床数据XML文件介绍 我们从TCGA下载的临床数据
TCGA中包含丰富的病人临床资料信息，从TCGA中下载的原始数据的样子
里面每个文件夹都是一个病人的信息，病人的信息都整合在这个XML文件中XML 文件与HTML非常类似，不一样的是，XML 被设计用来传输和存储数据，其焦点是数据的内容。
这个是总生存率分析用到的数据，从病人收入到死亡的事件（days_to_death）, 从病人收入到最后的随访时间（days_to_last_followup）
这个是无进展生存率分析用到的数据，是否有新的肿瘤事件（new_tumor_event_after_initial_treatment）, 从收入病人到新的肿瘤事件发生的时间days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment, 从病人收入到最后的随访时间days_tumor_free_till_last_followup
这里的信息整理出来就够了吗？我们又发现在follow_up的标签里面有两次更新的随访记录
而每次的随访记录中又包含了更新的随访信息，最新的随访时间和病人是否死亡的信息
下面我们从里面整理出我们需要的临床信息用来做生存分析 生存分析介绍 首先我们需要知道生存分析用到的数据，其实生存分析需要的数据，就两个每个病人的生存情况，终点事件的发生或者未发生，最常见的就是死亡，入院，肿瘤复发等到终点事件的时间；可包含删失，就是还没死 这个就是我们需要拿到的数据
在肿瘤研究中，最常用的两个终点时间是，总生存率和无进展生存期，这里介绍的方法，不仅能拿到总生存率，还有无进展生存期的数据，而且还是最新的随访记录的数据。 R包 TCGAcm 介绍 首先从github上安装TCGAcmR包 首先先所有文件的路径和文件名，使用list.files来所有XML文件的文件名，注意工作目录要在XML所在的文件夹里； 使用TCGAcm中vitalParse()函数，此函数可以解析来自TCGA XML文件的TCGA临床数据，包括旧的生存数据和最新随访生存数据。下面我们从里面整理出我们需要的临床信息用来做生存分析； vital_data的结果如下bcr_patient_barcodetumor_tissue_sitevital_statusdays_to_deathdays_to_last_followupnew_tumor_event_after_initial_treatmentdays_to_new_tumor_event_after_initial_treatmentdays_tumor_free_till_last_followupTCGA-A2-A3XYBreastAlive786YES1072NATCGA-A6-A56BColonAlive1595YES1678NATCGA-A8-A091BreastAlive580YES243NATCGA-A8-A09CBreastAlive31NANANATCGA-A8-A09IBreastAlive1371NONA1371 这里包含TCGA病人样本的关键信息和总生存率、无进展生存期分析要用到的数据，包括：bcr_patient_barcode, tumor_tissue_site, vital_status, days_to_death, days_to_last_followup, new_tumor_event_after_initial_treatment, days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment, days_tumor_free_till_last_followup 下次教程介绍TCGAcm的其他功能。 欢迎，分享更多肿瘤，单细胞测序和文献分享的内容
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