科研论文中用什么软件作图最好?
这是个读图的年代,图片在SCI论文写作中存有重大的比重,没有图片的佐证任何论点都无法在文章中让人信服。在SCI中常见的图片有以下几类。
统计图(大多可用Excel)
包括柱状图,散点图、线图、生存曲线、流式图等,期刊对此类Figure要求最严,每种类型的统计图都有非常多需要注意的细节。
这张就是典型的柱状图,各种元素也很齐全。
图片要点
编号:如果是有多张图片拼合在一起的话,每张图片要用字母A、B、C、D来进行编号。每张编号的图片都要有相应的图注说明。
标题:多张图片在一起时,除了编号之外,最好还能有个标题。这样比编号更直观,让读者不看图注也能大概明白图片内容。
纵轴:多是数值,要注意有时候必须注明单位。
横轴:内容是分组情况时应写清组名,内容是数字,比如时间时,要注明单位。
误差线:表示标准差或标准误。
显著性符号:要在图注中说明各种符号所表示的含义,一般来说*/**/***分别代表P<0.05/P<0.01/P<0.001。除*外,常用的还有#、△等。
散点图线图生存曲线(可用Graphpad制作)流式图(可用FlowJo制作)
照片
照片也是一种常用的图片类型,能够对现实如实的反应,在临床研究中使用的更多。
图片要点照片背景应选用与其反差较大的颜色,突出边缘。下方应放置米尺,做标尺用,来说明大小。照片应遵照真实性原则,可以适当调整整体亮度、对比度等,但不能对局部进行PS调整。同时,可以用箭头指示病变部位。
X-ray、CT、PET-CT、MRI等造影照片是照片的另一大种类。此类照片最好保留电子版图片。如果只有胶片资料,则应尽量使用专业扫描仪提取电子相片。若条件不允许,也应摆正角度,用高分辨率的数码相机记录。
切片染色图
作为很多疾病诊断的金标准,使得染色图成为了很多论文中的支持结论的重要依据。染色图通过不同的化学试剂+抗体的组合,可以定性反映微观结构的改变,蛋白表达的分布等等。
图片要点
做染色图的时候要说明比例尺,比例尺能够说明微观结构的尺寸及放大倍数,是重要参数。上图中虽然没有画出来,但在图注里有这么一句说明:(C) IHC analysis of ZFX protein expression in human clinical samples of normal tissues, atrophy, intestinal metaplasia, dysplasia and GC tissues (n = 30, respectively), original magnification: X 200.
还要注意三个“度”。拍照时,注意调节曝光度,曝光度过低会让画面整体灰暗,曝光过度则可能损失图片重要细节,且后期很难用软件矫正。调节饱和度,饱和度代表画面的“鲜艳”程度。调节平衡度,尽量保证空白区域为纯白色,未矫正白平衡的照片会整体偏蓝或偏黄。
荧光染色图
非常漂亮的一种图,通常会展示同一视野下多种分子的表达情况,并在最后展示合并(Merge)后的图片,可用Image J制作。此类图片要注意标记每种颜色代表的分子,除上图的标记方法外,也可以使用下图这种直观的彩色标记。
条带图
以Western Blot最为多见,还有半定量PCR、SDS page、免疫共沉淀等。条带图上的重要的信息包括:条带代表的分子名称、条带分子量以及分组情况。
图片要点
条带左侧标记了分子名称;上方用划横线的方式将若干条带分组;也可以在右侧标记了蛋白分子大小(建议标注单位kDa)。
将不同条带裁剪组合在一张图上时,要注意保留条带上下一定的空白区域,如有杂带也应如实保留,否则可能遭到质疑。可以在不损失细节的情况下调整条带整体的亮度、对比度,但绝不能对条带局部进行调整甚至涂改,也不能从中间挖去某个条带。也不能出现一图多用的情况,尤其注意不要重复使用同一张内参的条带图,也不要对条带进行简单的水平或垂直翻转就再次使用,一般editor和reviewer对这一点非常敏感,涉及科研诚信,不能马虎。
示意图
用于表达肉眼无法观察到的事物,或者抽象的概念,要求直观明确。细胞作用示意图(可用PPT制作)
看到如此精美的图片,绝大多数科研狗恐怕在心中膜拜感叹同时也在想这肯定是用专业的画图软件(如photoshop、AI)做出来吧?我等凡人怕是做不到吧?NO!小鱼给大家推荐两款生物作图神器,让你分分钟搞定高逼格的信号通路图和各种模型图。
首先第一个就是Scienceslide,这是一款专门做医学图片的ppt插件。
安装后,会在PPT界面出现一个工作条(如下图所示),包括了常用元件、信号通路、方法学、生物化学、分子生物学等几千种素材。
想要什么图,只需要选择相应的模板就可以在此基础上,进行文字及分子形状的修改而后可以做成精致无比、赏心悦目的示意图。有了这个PPT插件,足以满足你任何信号通路图的要求,那么他到底有多强大,放几张图片大家就知道了。
1、基本形状
2、生物化学各种通路
3、药学各种分子模型
4、实验方法和流程
5、信号通路
6、分子病理学
7、形态学
看到这么多给力的图片,你是否有些蠢蠢欲动了?是不是很想把这个插件收入囊中?不过,这个插件无法在office2013版本中安装,只能在office2003的版本中进行安装(安装时最好装在C盘)。
当然也许,依然会有些童(tong)鞋(xue)觉得下载安装两个软件太麻烦了,那么小鱼接下来给大家推荐另一个软件pathwaytool,这个也是款作图神器哦。它几乎自带了分子生物学会用到的所有元素,如不同的细胞、细胞器、分子、老鼠模型、器官模型以及经典的信号通路图。安装该软件后,它的界面是这样的:
在选择一个理想的模型后,可直接进行修饰和改动,非常的简单方便,3分钟内既能上手。
知乎专属福利;助大家一臂之力、我为大家准备了一份基础实验protocol,细胞侵袭、细胞凋亡、细胞黏着、细胞周期等,不仅有细胞培养相关实验,还有包括不同研究水平实验技术Protocol,不同实验方法全流程,WB实验流程、注意事项、数据处理及写作、IHC实验流程、操作技巧、注意事项、图像分析等相关实验的详细步骤,全都是经过前辈们无数次验证过的,希望对大家的实验有帮助。点击立即前往
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